農業全產業鏈缺乏面向生態安全與區域協同發展的系統設計，產業之間銜接不暢

良好的系統設計、科學的頂層規劃是培育農業全產業鏈的重要前提。從系統角度看，農業全產業鏈融合應堅守生態友好的底線，在生態環境容量范疇內布局產業與產業集群，合理規劃全產業鏈。然而，目前區域農業產業引進及全產業鏈布局仍以核心產業發展及增收為主要目標，缺乏以生態容量為底線的系統設計，在激化產業發展與生態環境矛盾的同時導致區域生態環境受到威脅。以種養產業鏈為例，調研結果顯示，在8個生豬主產省份中，小規模養殖配套耕地數量不足的占比為 87.18%，中規模占比為 82.35%，大規模占比為93.33%。據畜禽糞便總量、耕地畜禽糞污氮磷負荷、耕地畜禽養殖環境容量核算，在長江中下游地區的城市中，僅約10%的畜禽養殖環境風險較小，59%的畜禽養殖環境風險中等，31%的畜禽養殖環境風險嚴重，區域種養結構缺乏必要的動態調整。

農業全產業鏈構建及融合的頂層規劃缺乏，導致區域支柱產業發展受限于基礎設施、技術支撐、配套產業、機制保障等而未能健康發展，進而影響農業全產業鏈的培育。例如，中國物流與采購聯合會的數據顯示，我國物流成本占產品成本的比例約為30%~40%，蔬菜等生鮮農產品的流通成本占到售價的50%~60%，甚至更高，而發達國家一般為10%~15%。單一環節的缺失及支撐不足將顯著抑制全產業鏈的發展，因而區域規劃需強化全鏈條視角，合理、系統地開展農業全產業鏈布局。

農業全產業鏈培育缺乏區域協同機制。如在長江流域，以四川省、湖北省為代表的中上游是重要的農產品生產區與輸出區;以上海市為龍頭的長江三角洲地區位于下游，是重要的農產品消費區，優質農產品需求高，科技人才優勢明顯;但目前長江中上游、下游的區域協同創新支撐不足，生態補償機制和全產業鏈體系不完善，導致優質農產品占比偏低、市場供需匹配性不佳、農業面源污染問題突出，明顯不適應長江經濟帶高質量發展需要。相較于經濟相對發達的長江流域，以傳統糧食作物為主的農業區，協同發展意識更為薄弱，區域協同缺乏問題尤為明顯。

農業全產業鏈鏈條短，利益分配機制不清，產業融合與增值效應不突出

我國農業全產業鏈條短，附加值低。與發達國家相比，我國農產品加工能力較為薄弱，加工企業規模小，農產品加工率低。根據中國農業科學院統計，2020年我國農產品加工業營業收入超過23.2萬億元，與農業產值之比接近 2.4：1，而發達國家一般超過3：1;我國農產品加工轉化率為67.5%，低于發達國家加工轉化率水平(80%左右)。

農業全產業鏈涉及多個利益主體，利益分配機制不明晰成為阻礙其構建與發展的難題。以乳產品為例，全產業鏈涉及原奶生產、乳品加工、乳品銷售等主要環節，表現為“中間強、兩頭弱”：上游養殖業效益普遍較差，中游奶企經營業績良好。由于利益分配機制不完善，奶農與奶企之間的利益矛盾尖銳，導致全鏈條乳品質量控制壓力加劇，諸如“三聚氰胺”等農產品安全事件頻發，嚴重阻礙了我國乳業市場的健康發展。一些國外乳產品質量控制相對嚴格，因消費者的信賴慣性而導致進口量快速增長，也就擠壓了國內養殖業的發展空間。2012—2018年，嬰幼兒奶粉進口量增長了2.54倍，而國產數量僅增長了33.6%，本土品牌市場占有率下滑至43%。

在我國，農業多功能性價值尚未得到充分挖掘，農業與旅游、康養、文化傳承等要素的融合程度偏低。農業多功能性的重點方向是大力發展新型農業生產經營形態(如休閑農業、生態農業等)，然而根據農業農村部2019年統計數據，全國休閑農業接待游客32億人次，營業收入約8500億元，僅占當年農林牧漁業總產值的6.9%。這表明，我國第一產業與第三產業的融合程度明顯滯后于發達國家。推進農業品牌化是促進農民增收的有效途徑，但我國農業品牌小且雜亂，缺乏國家和行業發展規劃，行政管理的規范性也待提升;農產品品牌發展存在“重認證輕培育”現象，因農產品自身品質經營不善而導致市場認可度低，品牌增收效應有限。